秦 藤樹（はた ふじき、1908年4月13日 - 2004年3月25日）は、日本の医師。医学者。専門は微生物科学。元北里大学学長。旧姓は藤松。細菌学者の秦佐八郎の養子となった。 長野県東筑摩郡会田村（現・松本市）出身。1934年慶應義塾大学医学部卒業。内科入局、助手、1934年12月 - 1936年3月、短期現役軍医、1936年北里研究所研究員となり（生化学、藤田秋治部長）、1938年7月 - 1945年12月、軍務（山西省陸軍病院、東京第一陸軍病院）、1939年医学博士。論文の題は「組織内Cytoclirom C定量法の研究」。 1948年北里研究所同研究所長、1954年8月-1955年11月、ラトガース大学微生物研究所留学、1961年北里研究所所長。
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