井元 清哉（いもと せいや、1972年6月9日 - ） は、日本の数理統計学者・生命科学者。東京大学医科学研究所副所長、同研究所ヒトゲノム解析センター長、東京大学新世代感染症センター メンバー。厚生労働省医療統計参与。 福岡市出身。福岡県立筑紫高等学校を経て、1996年九州大学理学部数学科卒業。1998年九州大学大学院数理学研究科数理学専攻修士課程修了。1999年日本学術振興会特別研究員。2001年九州大学大学院数理学研究科数理学専攻博士課程修了、博士（数理学）、東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターDNA情報解析分野博士研究員。同年同助手。2002年神奈川科学技術アカデミー講師。2007年東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター准教授、京都大学薬学部非常勤講師。
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