藤本 正樹(ふじもと まさき、1964年12月4日 - )は、日本の惑星科学者。宇宙航空研究開発機構宇宙科学研究所所長、教授、宇宙科学国際調整主幹、東京大学大学院併任教授、東京工業大学地球生命研究所主任研究員。ESA/JAXA共同水星探査計画「Bepi Colombo」プロジェクト・サイエンティスト、米国地球物理連合学会誌Journal of Geophysical Research(英語版)編集長(2010-2013)を兼務。専門は、宇宙プラズマ物理・惑星系形成論。
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